Die natürliche Augenfarbe der Menschen ist genetisch festgelegt und nicht gleich unmittelbar nach der Geburt feststellbar. Entstehen tut die Farbe der Augen durch Pigmente wie das Melanin. Zellen, die diesen Farbstoff herstellen, heissen Melanozyten und befinden sich in der Basisschicht der Haut und Haarbalgdrüsen. Menschen, die von dunkelhäutiger Abstammung sind, wie Latinos oder Afrikaner, bilden auch in der Iris bereits vor der Geburt Melanin, damit die Kinder von Beginn an besser gegen UV-Licht geschützt sind – eine im Laufe der Evolution entstandene Entwicklung.
In unseren Breitengraden beginnen die Babys in der Regel erst in den ersten Monaten nach der Geburt Melanin zu bilden. Die Melanozyten drücken dann das Melanin in die Iris. Unmittelbar nach der Geburt haben fast alle Neugeborenen deshalb blaue, also schwach pigmentierte Augen. Wird nun deutlich mehr Pigment gebildet, entstehen grüne, und wird sehr viel Pigment produziert, braune Augen.
Da Neugeborene also kaum Pigmente besitzen, sind sie auch sehr blendempfindlich. Ihre endgültige Farbe haben die Augen in der Regel mit dem ersten Geburtstag des Kindes erreicht. Die Pigmentproduktion der Augen kann z.B. durch spezielle Nahrung nicht beeinflusst werden, sondern wird durch die Gene der Eltern festgelegt. Zwei Erbgänge können dafür verantwortlich sein, ein dominanter oder ein rezessiver.
Im reiferen Alter kann sich die Augenfarbe auch durch Medikamente oder Erkrankungen ändern. Eine Veränderung der Augenfarbe, zwei unterschiedlich pigmentierte Augen, unterschiedliche Farben des Pupillenlochs, z.B. dunkel gepaart mit weisslich grau, oder ungleiche Pupillengrössen sollten dem Augenarzt gezeigt werden. All dies sind Hinweise auf Erkrankungen, die mit erheblichen Fehlentwicklungen, wie sie beim Schielen jedem sicherlich bekannt sind, einhergehen können.
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